Потребовалось обновить php до 5.4 на сервере с ubuntu 12.04 LTS и ISPManager.
Первым делом остановил работу web-сервера nginx, так как после удаления старой версии php будет отдаваться исходный код страницы, что очень небезопасно! Обращаю ваше пристальное внимание, что если у вас открыт 81 порт, на котором работает по-умолчанию apache, установленный ISPManager, то нужно остановить и его.

service nginx stop


Дальше действовал так
Через меню возможности в ISPManager на 1500 порту удалил старую версию php.
В консоли сервера удалил остатки от php:

apt-get purge -y php5*

Теперь добавляем репозиторий для Ubuntu 12.04 и python, если у вас не установлен он еще:

apt-get install python-software-properties
add-apt-repository ppa:ondrej/php5-oldstable

Затем обновил кеш установленных программ в ISPmanager:

/usr/local/ispmgr/sbin/pkgctl -D cache
killall -9 ispmgr

И теперь в меню возможности ISPmanager выбираем и устанавливаем новую версию php. Не забудьте стартовать остановленный web-сервер nginx:

service nginx start